As má formações congênitas do trato respiratório podem afetar diferentes órgãos deste sistema. Das lesões extrapulmonares, a mais comum é a fístula traqueoesofágica, uma comunicação entre a traqueia e o esôfago que causa broncoaspirações. 
Já em relação às má formações pulmonares as mais comuns são:
- cisto broncogenico
- sequestro pulmonar
-má formação congênita das vias aéreas e do pulmão (CPAM)
- Enfisema Lobar Congênito

Estas alterações são às vezes diagnosticadas ainda no período fetal pelo ultrassom. Podem manifestar sintomas logo após o nascimento, com desconforto respiratório, ou mais tardiamente, geralmente com diagnóstico de pneumonias de repetição. Na radiografia e tomografia de tórax aparecem como imagens císticas ou imitando pneumonias. O tratamento é individualizado dependendo do tipo e tamanho da lesão.